太子山保护区管护中心执法主体性质是法律法规授权组织，由省林草局委托行使行政执法权限，保护区的行政执法工作由资源保护科、林业有害生物防治检疫科、产业科、防火办等科室按照各自科室的职能履行执法职责。“第五轮”行政执法工作结束后，申领了甘肃太子山国家级自然保护区管护中心、林业有害生物防治检疫科和木材检查站三类4个甘肃省行政执法主体资格证，现有行政执法人员132人。

管护中心认真贯彻《森林法》《中华人民共和国自然保护区条例》《中华人民共和国野生动物保护法》，以林长制为抓手，落实责任、细化措施、强化监督，深入开展“绿卫”行动、“清风行动”，严厉打击各类破坏森林资源的违法犯罪活动，联合洮河林区检察院、太子山森林公安分局，签订林区林草行政执法与刑事司法衔接工作的三方合作协议，建立长效工作机制，不断加大对辖区内违法犯罪的打击管控力度，确保林区秩序稳定和森林资源安全。