太子山保护区前身为临夏州太子山总场，建场于1957年；1991年更名为“临夏回族自治州太子山水源涵养林建设总场”；2001年12月，甘肃省政府决定将太子山林区移交省林业厅直属管理，2002年7月，省政府颁发了林权证；2003年9月，太子山自然保护区管理局挂牌成立；2005年12月，批准为省级自然保护区；2012年1月由国务院办公厅确定为国家级自然保护区，2021年6月更名为太子山管护中心。

太子山保护区管护中心为县级事业单位，内设13个部门科室，下辖紫沟、东湾、药水、松鸣岩、大滩、新营、甲滩、关滩8个保护站，共设立了42个保护段（点）。保护区设立了森林消防队、松鸣岩国家森林公园管理办公室、新营关和乌龙沟2个林政执法队。管护中心实行中心站段三级管理体系，现有职工381人。