太子山管护中心现有科研机构1个，为科研管理科。有专业技术人员120人（其中正高级工程师6人，高级工程师9人，林业工程师45人，林业助理工程师61人）。

科研工作开展情况。区内建有博物馆、实验室、视频监控中心各1处，野外视频监控站14处、生态定位站3处，具备了基本科研监测实验条件。常规开展了固定样线监测，区内野生动植物种群数量变化与生态环境因子等监测工作。通过开展基础研究，完成了《水曲柳原生种群采集播种育苗试验》、《四萼猕猴桃原生种群扩繁试验》、《白扦、麟皮云杉良种示范推广》、《蓝云杉造林示范推广》、《太子山高海拔区水曲柳原生种群播种育苗示范推广》等试验型项目；完成了《甘肃太子山国家级自然保护区林木种质资源调查及保护技术研究》、《甘肃太子山废弃矿区生态修复模式研究》、《太子山保护区冷杉天然群落调查研究》、《太子山保护区绿绒蒿属植物调查及保护研究》、《太子山植被垂直分布带谱调查研究》、《太子山高海拔区水曲柳天然种群调查研究》等规划调查类项目；完成了《红外线相机野生动物监测》、《太子山保护区视频监控系统在资源保护监测中的应用》等监测类项目。编制出版了《甘肃太子山国家级自然保护区植物图鉴》和《甘肃太子山国家级自然保护区林木种植资源》2本专著。

对外合作交流情况。管护中心先后与西北民族大学、甘肃农业大学、西北师范大学、兰州大学等高校开展技术合作及技术交流活动，建立了教育实践基地。并与西北民族大学组建了太子山生态系统野外科学观测研究站。充分利用高校技术资源，指导、帮助保护区开展各类调查、生物多样性数据库建设与动态监测、水源涵养地监测与研究、生态环境与气候变化关系与动态监测等研究工作。